De onvergelijkbare pracht van Napels gelegen in de schaduw van een vulkaan en aan het blauwe water van een enorme baai inspireerde Johann Wolfgang von Goethe tot de bekende uitroep: Napels zien en sterven.
Maar Napels heeft ook een andere complexere kant. Achter de pracht en praal die stamt uit de tijd toen Naples wereldwijd nog veel politieke en maatschappelijke invloed had, schuilt ook tegenspoed en armoede. Vincent Monnikendam daalde af in de achterafstraatjes en steile stegen waar zonnestralen nauwelijks doordringen waar donker drama en lichtzinnigheid de eeuwenoude stad in hun greep houden.
Centraal gegeven in de film is het werk De zeven werken van barmhartigheid van Caravaggio, de meester van het clair-obscur. Dit altaarstuk werd in 1607 geschilderd in opdracht van de adellijke oprichters van de Pio Monte della Misericordia, een liefdadigheidsinstelling die tot op de dag van vandaag actief is. Verhalen over dit schilderij, de geschiedenis van de Pio Monte della misericordia, de vreugde en het verdriet van de Napolitanen wisselen elkaar af tot een veelkleurig portret. Met een hoofdrol voor de stad Napels zelf.
In een stijl geïnspireerd op de kenmerkende licht-donker contrasten in de schilderkunst van Caravaggio, toont Zielen van Napels een inspirerend portret van een stad die al 2500 jaar heeft weten te overleven.
